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Bioresponse

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2 208MB csv zip 10 months ago 10 months ago Open Data Commons Public Domain Dedication and License
The resources for this dataset can be found at https://www.openml.org/d/4134 Author: Boehringer Ingelheim Source: Kaggle - 2011 Please cite: None Predict a biological response of molecules from their chemical properties. Each row in this data set represents a molecule. The first column contains read more
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D1652 1652 number (default)
D1653 1653 number (default)
D1654 1654 number (default)
D1655 1655 number (default)
D1656 1656 number (default)
D1657 1657 number (default)
D1658 1658 number (default)
D1659 1659 number (default)
D1660 1660 number (default)
D1661 1661 number (default)
D1662 1662 number (default)
D1663 1663 number (default)
D1664 1664 number (default)
D1665 1665 number (default)
D1666 1666 number (default)
D1667 1667 number (default)
D1668 1668 number (default)
D1669 1669 number (default)
D1670 1670 number (default)
D1671 1671 number (default)
D1672 1672 number (default)
D1673 1673 number (default)
D1674 1674 number (default)
D1675 1675 number (default)
D1676 1676 number (default)
D1677 1677 number (default)
D1678 1678 number (default)
D1679 1679 number (default)
D1680 1680 number (default)
D1681 1681 number (default)
D1682 1682 number (default)
D1683 1683 number (default)
D1684 1684 number (default)
D1685 1685 number (default)
D1686 1686 number (default)
D1687 1687 number (default)
D1688 1688 number (default)
D1689 1689 number (default)
D1690 1690 number (default)
D1691 1691 number (default)
D1692 1692 number (default)
D1693 1693 number (default)
D1694 1694 number (default)
D1695 1695 number (default)
D1696 1696 number (default)
D1697 1697 number (default)
D1698 1698 number (default)
D1699 1699 number (default)
D1700 1700 number (default)
D1701 1701 number (default)
D1702 1702 number (default)
D1703 1703 number (default)
D1704 1704 number (default)
D1705 1705 number (default)
D1706 1706 number (default)
D1707 1707 number (default)
D1708 1708 number (default)
D1709 1709 number (default)
D1710 1710 number (default)
D1711 1711 number (default)
D1712 1712 number (default)
D1713 1713 number (default)
D1714 1714 number (default)
D1715 1715 number (default)
D1716 1716 number (default)
D1717 1717 number (default)
D1718 1718 number (default)
D1719 1719 number (default)
D1720 1720 number (default)
D1721 1721 number (default)
D1722 1722 number (default)
D1723 1723 number (default)
D1724 1724 number (default)
D1725 1725 number (default)
D1726 1726 number (default)
D1727 1727 number (default)
D1728 1728 number (default)
D1729 1729 number (default)
D1730 1730 number (default)
D1731 1731 number (default)
D1732 1732 number (default)
D1733 1733 number (default)
D1734 1734 number (default)
D1735 1735 number (default)
D1736 1736 number (default)
D1737 1737 number (default)
D1738 1738 number (default)
D1739 1739 number (default)
D1740 1740 number (default)
D1741 1741 number (default)
D1742 1742 number (default)
D1743 1743 number (default)
D1744 1744 number (default)
D1745 1745 number (default)
D1746 1746 number (default)
D1747 1747 number (default)
D1748 1748 number (default)
D1749 1749 number (default)
D1750 1750 number (default)
D1751 1751 number (default)
D1752 1752 number (default)
D1753 1753 number (default)
D1754 1754 number (default)
D1755 1755 number (default)
D1756 1756 number (default)
D1757 1757 number (default)
D1758 1758 number (default)
D1759 1759 number (default)
D1760 1760 number (default)
D1761 1761 number (default)
D1762 1762 number (default)
D1763 1763 number (default)
D1764 1764 number (default)
D1765 1765 number (default)
D1766 1766 number (default)
D1767 1767 number (default)
D1768 1768 number (default)
D1769 1769 number (default)
D1770 1770 number (default)
D1771 1771 number (default)
D1772 1772 number (default)
D1773 1773 number (default)
D1774 1774 number (default)
D1775 1775 number (default)
D1776 1776 number (default)
target 1777 number (default)

Integrate this dataset into your favourite tool

Use our data-cli tool designed for data wranglers:

data get https://datahub.io/machine-learning/bioresponse
data info machine-learning/bioresponse
tree machine-learning/bioresponse
# Get a list of dataset's resources
curl -L -s https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/datapackage.json | grep path

# Get resources

curl -L https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/r/0.csv

curl -L https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/r/1.zip

If you are using R here's how to get the data you want quickly loaded:

install.packages("jsonlite", repos="https://cran.rstudio.com/")
library("jsonlite")

json_file <- 'https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/datapackage.json'
json_data <- fromJSON(paste(readLines(json_file), collapse=""))

# get list of all resources:
print(json_data$resources$name)

# print all tabular data(if exists any)
for(i in 1:length(json_data$resources$datahub$type)){
  if(json_data$resources$datahub$type[i]=='derived/csv'){
    path_to_file = json_data$resources$path[i]
    data <- read.csv(url(path_to_file))
    print(data)
  }
}

Note: You might need to run the script with root permissions if you are running on Linux machine

Install the Frictionless Data data package library and the pandas itself:

pip install datapackage
pip install pandas

Now you can use the datapackage in the Pandas:

import datapackage
import pandas as pd

data_url = 'https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/datapackage.json'

# to load Data Package into storage
package = datapackage.Package(data_url)

# to load only tabular data
resources = package.resources
for resource in resources:
    if resource.tabular:
        data = pd.read_csv(resource.descriptor['path'])
        print (data)

For Python, first install the `datapackage` library (all the datasets on DataHub are Data Packages):

pip install datapackage

To get Data Package into your Python environment, run following code:

from datapackage import Package

package = Package('https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/datapackage.json')

# print list of all resources:
print(package.resource_names)

# print processed tabular data (if exists any)
for resource in package.resources:
    if resource.descriptor['datahub']['type'] == 'derived/csv':
        print(resource.read())

If you are using JavaScript, please, follow instructions below:

Install data.js module using npm:

  $ npm install data.js

Once the package is installed, use the following code snippet:

const {Dataset} = require('data.js')

const path = 'https://datahub.io/machine-learning/bioresponse/datapackage.json'

// We're using self-invoking function here as we want to use async-await syntax:
;(async () => {
  const dataset = await Dataset.load(path)
  // get list of all resources:
  for (const id in dataset.resources) {
    console.log(dataset.resources[id]._descriptor.name)
  }
  // get all tabular data(if exists any)
  for (const id in dataset.resources) {
    if (dataset.resources[id]._descriptor.format === "csv") {
      const file = dataset.resources[id]
      // Get a raw stream
      const stream = await file.stream()
      // entire file as a buffer (be careful with large files!)
      const buffer = await file.buffer
      // print data
      stream.pipe(process.stdout)
    }
  }
})()

Read me

The resources for this dataset can be found at https://www.openml.org/d/4134

Author: Boehringer Ingelheim
Source: Kaggle - 2011
Please cite: None

Predict a biological response of molecules from their chemical properties. Each row in this data set represents a molecule. The first column contains experimental data describing an actual biological response; the molecule was seen to elicit this response (1), or not (0). The remaining columns represent molecular descriptors (d1 through d1776), these are calculated properties that can capture some of the characteristics of the molecule - for example size, shape, or elemental constitution. The descriptor matrix has been normalized.

The original training and test set were merged.

Datapackage.json

Request Customized Data


Notifications of data updates and schema changes

Warranty / guaranteed updates

Workflow integration (e.g. Python packages, NPM packages)

Customized data (e.g. you need different or additional data)

Or suggest your own feature from the link below